إيمانًا من المركز الثقافي القبطي الأرثوذكسي بأهمية المكتبات العامة في حياة الأمم والشعوب، ودورها في نشر الثقافة والأدب والفنون؛ افتُتحت مكتبة مارمرقس يوم 26 يناير عام 2010 بيد مثلث الرحمات قداسة البابا شنوده الثالث لتوفير مختلف أشكال مصادر المعرفة الدينية والعامة، التقليدية منها والمتقدمة وتقديمها للجمهور والباحثين.
وبهذه المناسبة أهدا مثلث الرحمات قداسة البابا شنوده الثالث من مكتبته الخاصة إلى مكتبة مار مرقس العامة أكثر من عشرين دائرة معارف من أشهر المعارف الموجودة في نواحي عديدة، كما أهدا أيضا قداسته مكتبته الإسلامية إلى مكتبة مار مرقس بالمركز.
وفى 18 نوفمبر 2014م، وتزامنًا مع العيد الأول لجلوس قداسة البابا تواضروس الثاني على كرسي مارمرقس الرسول، قام قداسته بافتتاح المكتبة الإليكترونية وقسم التعليم الإليكتروني.