يوجد بمكتبة مارمرقس العامة قسم خاص للأطفال لتجعل التراث القبطي مادة بسيطة شيقة للطفل، بوسائلها العملية والمطورة، والتى صممت خصصيًا من أجل الطفل كما أن هناك العديد من الأنشطة الدورية كتلاوة القصص، و ورش العمل لتنمية المهارات الفنية اليدوية، من أجل نمو النواحي الاخلاقية والجمالية لشخصية الطفل.