يضم المركز الثقافي القبطي الأرثوذكسي العديد من المراكز البحثية المتخصصة، والهدف من هذه المراكز هو النهوض بعمليات البحث في التراث القبطي محلياً وعالمياً، بإتاحة مصادر الأبحاث أمام الباحثين للمزيد من البحث المتقدم في كل فروع المعرفة القبطية مثل الفن القبطي والعمارة والآثار، واللغة والأدب والتاريخ الكنسى، وأقوال الآباء والدراسات المسكونية … إلخ
